企業経営におけるアメーバ・システムは、稲盛和夫が京セラの経営手法として採用し、広く知られるようになった経営システムです。拡大する社内を管理しやすい小単位（アメーバ）に区分し、アメーバ間の商材移動を売買取引として経理処理することで「一時間当たり一人当たり付加価値」を評価しようとする手法です。

この経営手法は、各アメーバが経営者として管理能力を高める効果を生みます。3.2万人の社員と２兆3,200億円の債務を抱えて2010年1月に倒産したJALは、3,500億円の公的資金を導入、再生の指揮官として政府の懇請で稲盛和夫を会長に迎える。アメーバ経営導入によって全ての路線、フライト毎に翌日には採算がわかるという経営改善によって、2年8ヵ月後に再上場を果たしたのは有名な話です。

一般的に、経営には三つの商品群が必要だと言われます。そして現在の一括損益管理を廃し、部門管理によって商品群毎に直接原価を計上することで部門別粗利、販売管理費の部門間配布によって各部門の貢献度を把握し、経営資源の投入を判断する。